En 1162 aparece por primera vez el nombre del Monasterio en los documentos oficiales de la Orden Cisterciense
A finales del s. XV empieza la decadencia. Hacia el año 1523 se incorpora la reforma introducida por la Congregación de Castilla. La desamortización de Mendizábal obliga a los monjes a abandonar el cenobio en 1837.
Desde entonces los edificios, excepto la iglesia y una parte del claustro van desmoronándose
En 1961, Carlos Valle-Inclán comienza a concebir el sueño de reconstruir el monasterio y funda la "Asociación de Amigos de Armenteira" reconstruyéndolo poco a poco.
Un grupo de monjas del Monasterio de Alloz, en Navarra, restaura la vida cisterciense del cenobio
El Camino de Santiago Portugués, tiene una variante, desde las afueras de Pontevedra, llamada " La Variante Espiritual "que pasa por el monasterio camino a Villagarcía de Arosa, en donde se toma un barco hasta Pontecesures , para continuar camino hasta Santiago de Compostela.